دریاچه وان پایین ترین قسمت یک حوضه وسیع را اشغال می کند که از جنوب با کوه های مرتفع از شرق با فلات ها و کوه ها و از غرب با مجموعه ای از مخروط های آتشفشانی هم مرز است.
در دوره‌ای از دوران پلیستوسن (یعنی حدود 2600000 تا 11700 سال پیش) جریان گدازه‌ای از آتشفشان نمروت تقریباً 37 مایل (60 کیلومتر) در انتهای جنوب غربی حوضه گسترش یافت و زه‌کشی به سمت غرب و رودخانه مورات را مسدود کرد و
در نتیجه فرورفتگی را به یک حوضه دریاچه بدون خروجی تبدیل می کند.
طبیعت دریاچه وان ترکیه
دریاچه وان به دو بخش تقسیم می شود و بدنه اصلی آب با یک گذرگاه باریک از امتداد شمالی بسیار کم عمق تر خود جدا می شود و سواحل آن عموماً شیب دار و پر از صخره است.
سواحل جنوبی به شدت شیاردار و فرسوده است و آب ها پر از جزایر از جمله گدیرکه بزرگترین در شمال است.
چارپانک در شرق و آکتامار و آترک در جنوب و بدنه اصلی دریاچه در جنوب بسیار عمیق تر از بخش شمالی آن است و بیشترین عمق آن بیش از 330 فوت (100 متر) است و حوض آبریز دریاچه وان بیش از 5790 مایل مربع (15000 کیلومتر مربع) است و بزرگترین حوضه داخلی ترکیه به جز حوزه مرکزی آناتولی را تشکیل می دهد.
این دریاچه از بارندگی و آب های ذوب و همچنین از شاخه های متعددی تغذیه می شود به ویژه رودخانه های Bendimahi و Zilan که از شمال به داخل می ریزند و رودخانه های Karasu و Micinger از شرق وارد دریاچه می شوند.
دریاچه وان تغییرات فصلی سطح آب خود را در حدود 20 اینچ (50 سانتی متر) در سال تجربه می کند و در ماه های زمستان کمترین مقدار را دارد و پس از آب شدن بهاره شروع به افزایش می کند.
با ورود آب اضافی از برف های ذوب شده کوه های اطراف دریاچه در ماه جولای به بالاترین سطح خود می رسد و دریاچه وان در تابستان دارای سه ناحیه دمایی مشخص است که از یک لایه بالایی آب گرم، یک منطقه پایین‌تر از آب سرد و یک لایه انتقالی میانی تشکیل شده است و در طول زمستان سطح به سرعت سرد می شود.
گاهی اوقات بخش شمالی کم عمق یخ می زند البته یخ زدگی کل دریاچه به دلیل شوری زیاد آن به تاخیر می افتدکه فراوان ترین نمک دریاچه کربنات سدیم و سولفات سدیم است و یک سرویس قایق مسافربری منظم در دریاچه بین شهرهای ساحلی حرکت می کند و یک کارخانه کشتی سازی کوچک در توگ در ساحل جنوب غربی وجود دارد.
